VH-institution provar senaste tekniken inom DNA-sekvensering

Text: Mårten Granert Publicerad: 13 maj 2014

Som ett av de få laboratorier i Sverige, och förmodligen i Skandinavien, har forskare på institutionen för husdjursgenetik (Hgen) i stark konkurrens utsetts till att få möjlighet att prova den allra senaste tekniken för DNA-sekvensering.

nanopore2-368px-webb

– Det här känns givetvis oerhört hedrande för oss. Det betyder att vi är konkurrenskraftiga och att de projekt som vi arbetar med anses som intressanta för Nanopore , säger Tomas Bergström som är forskare på institutionen för husdjursgenetik.

Det var företaget Oxford Nanopore i England som i höstas utlyste en tävling där laboratorier kunde skicka in en kort projektbeskrivning över hur de kunde testa företagets nya produkt för DNA-sekvensering. Nanopore-tekniken är den senaste typen av system för så kallad Next Generation Sequencing (NGS ). Det som är speciellt med Nanopore är storleken på systemet. Det är stort som en smartphone och möjliggör nu i praktiken diagnostik med sekvensering i fält.

nanopore-368px-webb

Det är Agnese Viluma som är doktorand på institutionen som ska använda apparaten i sin forskning och bland annat jämföra resultaten av sekvenseringar gjorda på olika NGS-plattformar.

– Min forskning går kort ut på att undersöka gener som har viktig betydelse för hästens immunförsvar. Jag har redan nu använt mig av andra NGS-plattformar och nu ska det bli väldigt spännande att jämföra resultaten med Nanopore.

Om Nanopore håller för vad företaget har lovat kommer tekniken att närmast revolutionera möjligheterna för DNA-sekvenseringen både vad gäller tid och pengar.

– En snabb och tillförlitlig DNA-sekvensering betyder enorma framsteg inom en rad av områden. Till exempel ger det ökade möjligheter att identifiera sjukdomsorsakade mutationer hos djur och människor. Sekvensering kan också användas för att anpassa åtgärder mot olika sjukdomar eftersom varje individ påverkas olika av läkemedel. På engelska brukar detta kallas för personalized medicine. Detta gäller självklart för både djur och människor. Vår forskning på husdjur kan också användas till jämförande diagnostik av genetiska sjukdomar hos människan. VH-fakulteten och SLU har en fantastisk kompetens och det är roligt att NGS-kapaciteten byggs upp på SLU, säger Agnese.

Kontakt
Tomas Bergström
Forskare
Telefon: 018-67 19 97
E-post: tomas.bergstrom@slu.se

Agnese Viluma
Doktorand
E-post: agnese.viluma@slu.se

13 maj 2014
Unifying ecology – tar fram vildsvinet i forskaren

Unifying ecology – tar fram vildsvinet i forskaren

Gränslöst Ofta är forskare inriktade mot en viss typ av landskap men kanske borde de vara lite mer som vildsvin och röra sig mellan skogen och jordbrukslandskapet. Samma ekologiska teorier gäller överallt! Projektet Unifying Ecology på institutionen för ekologi är ett försök att öka kontakten mellan forskare inom olika ämnen. Det har lett till nya samarbeten och spännande forskning. Två postdoktorer har också knutits till projektet. De studerar just nu hur vildsvin påverkar jorden – och i förlängningen olika ekologiska samspel.
14 mars 2018 7

Twitter

Naturvårdspriset 2018 för skapandet av forum för vargfrågor https://t.co/u91GHUwPyU https://t.co/Vy5a4GsFb7 @_SLU via Twitter 38 minuter sedan
SLU och Dataväxt utvecklar framtidens smarta växtodling https://t.co/mE9y914rfb https://t.co/mgBsTIw4c5 @_SLU via Twitter 2 timmar sedan
Vårkollen – hur långt har våren kommit hos dig? Håll ögona öppna under Valborgshelgen och rapportera in en handfull… https://t.co/8MIU2P1iBe @_SLU via Twitter 3 timmar sedan
Miljöministern besöker SLU Alnarp https://t.co/3aDxfeG3Dm @_SLU via Twitter 22 timmar sedan
Att bevara torvmarker borde vara en viktigare åtgärd i det globala klimatarbetet. Det kan vara en relativt billig o… https://t.co/DPGJOVeFd5 @_SLU via Twitter 1 dagar sedan
Från biokol till hamburgare https://t.co/hXvT1tsZyt https://t.co/uI24juvpzn @_SLU via Twitter 5 dagar sedan