VH-institution provar senaste tekniken inom DNA-sekvensering

Text: Mårten Granert Publicerad: 13 maj 2014

Som ett av de få laboratorier i Sverige, och förmodligen i Skandinavien, har forskare på institutionen för husdjursgenetik (Hgen) i stark konkurrens utsetts till att få möjlighet att prova den allra senaste tekniken för DNA-sekvensering.

nanopore2-368px-webb

– Det här känns givetvis oerhört hedrande för oss. Det betyder att vi är konkurrenskraftiga och att de projekt som vi arbetar med anses som intressanta för Nanopore , säger Tomas Bergström som är forskare på institutionen för husdjursgenetik.

Det var företaget Oxford Nanopore i England som i höstas utlyste en tävling där laboratorier kunde skicka in en kort projektbeskrivning över hur de kunde testa företagets nya produkt för DNA-sekvensering. Nanopore-tekniken är den senaste typen av system för så kallad Next Generation Sequencing (NGS ). Det som är speciellt med Nanopore är storleken på systemet. Det är stort som en smartphone och möjliggör nu i praktiken diagnostik med sekvensering i fält.

nanopore-368px-webb

Det är Agnese Viluma som är doktorand på institutionen som ska använda apparaten i sin forskning och bland annat jämföra resultaten av sekvenseringar gjorda på olika NGS-plattformar.

– Min forskning går kort ut på att undersöka gener som har viktig betydelse för hästens immunförsvar. Jag har redan nu använt mig av andra NGS-plattformar och nu ska det bli väldigt spännande att jämföra resultaten med Nanopore.

Om Nanopore håller för vad företaget har lovat kommer tekniken att närmast revolutionera möjligheterna för DNA-sekvenseringen både vad gäller tid och pengar.

– En snabb och tillförlitlig DNA-sekvensering betyder enorma framsteg inom en rad av områden. Till exempel ger det ökade möjligheter att identifiera sjukdomsorsakade mutationer hos djur och människor. Sekvensering kan också användas för att anpassa åtgärder mot olika sjukdomar eftersom varje individ påverkas olika av läkemedel. På engelska brukar detta kallas för personalized medicine. Detta gäller självklart för både djur och människor. Vår forskning på husdjur kan också användas till jämförande diagnostik av genetiska sjukdomar hos människan. VH-fakulteten och SLU har en fantastisk kompetens och det är roligt att NGS-kapaciteten byggs upp på SLU, säger Agnese.

Kontakt
Tomas Bergström
Forskare
Telefon: 018-67 19 97
E-post: tomas.bergstrom@slu.se

Agnese Viluma
Doktorand
E-post: agnese.viluma@slu.se

13 maj 2014
Klimatsmart narkos ger mervärden

Klimatsmart narkos ger mervärden

Miljöarbete Tjugo procents minskning av koldioxidutsläpp är målet för ett av de tre projekt som fick medel från miljöfondens första utlysning för snart två år sedan. Det är Universitetsdjursjukhuset (UDS) som med hjälp av utbildning och ny utrustning har lyckats minska användningen av inhalationsläkemedlet isofluran vid operationer. Den årliga förbrukningen av isofluran vid UDS motsvarar ett koldioxidutsläpp från 25.000 mil i bil, vilket är fram och tillbaka mellan Uppsala och Sundsvall varje dag i ett år.
2 juni 2017
Vi har en vinnare!

Vi har en vinnare!

Rätt svar Grattis till er som svarat rätt i tävlingen om brandsäkerhet vid SLU. Nu dragningen av vinnarna klar, Christine Jakobsson vann första pris, en brandsläckare. Och hon har egna erfarenheter av brandtillbud. – Jag har för ett antal år sedan hindrat en brand hemma då jag kände att det luktade en svag kryddig röklukt när jag kom in i huset från stallet. Trots att jag var osäker på om det verkligen var något ringde jag brandkåren. Det visade sig vara en pyrande skorstenbrand som tack och lov aldrig tog sig.
7 juni 2017
Det handlar om helheten

Det handlar om helheten

Krönika Livsmedelsproduktionens hållbarhet diskuteras flitigt vid SLU och på andra ställen. I SLU:s miljöpolicy nämns ”ekologiskt, socialt och ekonomiskt hållbar utveckling”. Vi pratar också om etiskt hållbar utveckling och vid VH-fakulteten har vi stor tonvikt vid etik inom djurhållning. Det finns stor kunskap, men även behov av ny kunskap, för att lösa respektive mål. Det är dock när flera faktorer skall vägas samman till en helhet som utmaningarna blir riktigt stora. Är det möjligt att producera riskfria, nyttiga och goda animala livsmedel med hänsyn till såväl djurvälfärd, klimat- och miljöeffekter på ett sätt som gör att lantbrukaren kan erbjuda sina anställda en bra arbetsmiljö och samtidigt ta ut lön till sig själv?
2 juni 2017

Twitter

SNS vill ge träteknologin en skjuts! Nätverkande främjar forskning och utveckling - nya, friska pengar att söka! https://t.co/JZ7NTlKxKo @_SLU via Twitter 2 dagar sedan
SLU tar krafttag för kräftor https://t.co/ChrH0S65O2 @_SLU via Twitter 6 dagar sedan
Rovfisk ger friska vikar https://t.co/rjc4rvoLZZ https://t.co/OMKj3ThTi9 @_SLU via Twitter 7 dagar sedan
Antagningsbeskeden är här! Kom ihåg att tacka ja senast 28 juli! För alla som redan gjort det finns… https://t.co/VY6dGVvSmq @_SLU via Twitter 13 dagar sedan
Dåligt med blåbär i år, enligt SLU:s bärprognos https://t.co/wmAg1GMQeL @_SLU via Twitter 14 dagar sedan
Sista seminariet hos SLU i #Almedalen kl 10 handlar om nytänkande kring ekonomi och lokal organisering, https://t.co/WKUuS57dvC @_SLU via Twitter 20 dagar sedan