VH-institution provar senaste tekniken inom DNA-sekvensering

Text: Mårten Granert Publicerad: 13 maj 2014

Som ett av de få laboratorier i Sverige, och förmodligen i Skandinavien, har forskare på institutionen för husdjursgenetik (Hgen) i stark konkurrens utsetts till att få möjlighet att prova den allra senaste tekniken för DNA-sekvensering.

nanopore2-368px-webb

– Det här känns givetvis oerhört hedrande för oss. Det betyder att vi är konkurrenskraftiga och att de projekt som vi arbetar med anses som intressanta för Nanopore , säger Tomas Bergström som är forskare på institutionen för husdjursgenetik.

Det var företaget Oxford Nanopore i England som i höstas utlyste en tävling där laboratorier kunde skicka in en kort projektbeskrivning över hur de kunde testa företagets nya produkt för DNA-sekvensering. Nanopore-tekniken är den senaste typen av system för så kallad Next Generation Sequencing (NGS ). Det som är speciellt med Nanopore är storleken på systemet. Det är stort som en smartphone och möjliggör nu i praktiken diagnostik med sekvensering i fält.

nanopore-368px-webb

Det är Agnese Viluma som är doktorand på institutionen som ska använda apparaten i sin forskning och bland annat jämföra resultaten av sekvenseringar gjorda på olika NGS-plattformar.

– Min forskning går kort ut på att undersöka gener som har viktig betydelse för hästens immunförsvar. Jag har redan nu använt mig av andra NGS-plattformar och nu ska det bli väldigt spännande att jämföra resultaten med Nanopore.

Om Nanopore håller för vad företaget har lovat kommer tekniken att närmast revolutionera möjligheterna för DNA-sekvenseringen både vad gäller tid och pengar.

– En snabb och tillförlitlig DNA-sekvensering betyder enorma framsteg inom en rad av områden. Till exempel ger det ökade möjligheter att identifiera sjukdomsorsakade mutationer hos djur och människor. Sekvensering kan också användas för att anpassa åtgärder mot olika sjukdomar eftersom varje individ påverkas olika av läkemedel. På engelska brukar detta kallas för personalized medicine. Detta gäller självklart för både djur och människor. Vår forskning på husdjur kan också användas till jämförande diagnostik av genetiska sjukdomar hos människan. VH-fakulteten och SLU har en fantastisk kompetens och det är roligt att NGS-kapaciteten byggs upp på SLU, säger Agnese.

Kontakt
Tomas Bergström
Forskare
Telefon: 018-67 19 97
E-post: tomas.bergstrom@slu.se

Agnese Viluma
Doktorand
E-post: agnese.viluma@slu.se

13 maj 2014
Samverkar kring växtskydds-, växtförädlings- och växtodlingsforskning

Samverkar kring växtskydds-, växtförädlings- och växtodlingsforskning

Plattformar SLU har tre plattformar för att stärka samarbetet mellan forskare på de tre fakulteterna LTV, NJ och S: Plattform växtskydd, Plattform växtförädling och Plattform odlingssystem. Syftet är att minimera överlappning inom forskning och undervisning, att dra nytta av SLUs gemensamma resurser och kompletterande kompetenser, att stödja samarbetet mellan forskare vid SLU och att stärka SLUs profil i samhället inom dessa områden.
14 mars 2019 1
Ny bok: Urbana ekosystemtjänster – arbeta med naturen för goda livsmiljöer

Ny bok: Urbana ekosystemtjänster – arbeta med naturen för goda livsmiljöer

Publicerat I samband med att våra städer växer och förtätas i allt snabbare takt, har grönskan kommit att få en avgörande roll för det hållbara livet i staden. I sin nya bok ”Urbana ekosystemtjänster - arbeta med naturen för goda livsmiljöer” vill tankesmedjan Movium belysa den urbana grönskans betydelse för stadsbyggande och hur olika aktörer inom branschen kan arbeta med ekosystemtjänster.
13 mars 2019 2

Twitter

Kassavasorter med bättre näringsvärde och potatissorter med bättre motståndskraft mot sjukdomar. Det är målet i nyt… https://t.co/ZHFF3oL7s6 @_SLU via Twitter 6 dagar sedan
RT @SLUmiljoanalys: Möt forskare från @_SLU och ?@Stockholms_univ? på Baltic Sea Science Center ?@Skansen? i helgen! I rovdjursakvariet bo… @_SLU via Twitter 8 dagar sedan
Parasitsvamp kan hota svenska tallar https://t.co/mN4gBQ9Dp9 https://t.co/2N38cWPOtW @_SLU via Twitter 11 dagar sedan
https://t.co/XKPnmN5LGb @_SLU via Twitter 11 dagar sedan
Kämpar för almens överlevnad https://t.co/cVm03oVgFA https://t.co/PyiRepPmSo @_SLU via Twitter 12 dagar sedan
Allt fler mjölkgårdar tillverkar eget kraftfoder av lokala råvaror, i stället för att köpa färdigblandat. En ny rap… https://t.co/uLpShzz8oT @_SLU via Twitter 13 dagar sedan