VH-institution provar senaste tekniken inom DNA-sekvensering

Text: Mårten Granert Publicerad: 13 maj 2014

Som ett av de få laboratorier i Sverige, och förmodligen i Skandinavien, har forskare på institutionen för husdjursgenetik (Hgen) i stark konkurrens utsetts till att få möjlighet att prova den allra senaste tekniken för DNA-sekvensering.

nanopore2-368px-webb

– Det här känns givetvis oerhört hedrande för oss. Det betyder att vi är konkurrenskraftiga och att de projekt som vi arbetar med anses som intressanta för Nanopore , säger Tomas Bergström som är forskare på institutionen för husdjursgenetik.

Det var företaget Oxford Nanopore i England som i höstas utlyste en tävling där laboratorier kunde skicka in en kort projektbeskrivning över hur de kunde testa företagets nya produkt för DNA-sekvensering. Nanopore-tekniken är den senaste typen av system för så kallad Next Generation Sequencing (NGS ). Det som är speciellt med Nanopore är storleken på systemet. Det är stort som en smartphone och möjliggör nu i praktiken diagnostik med sekvensering i fält.

nanopore-368px-webb

Det är Agnese Viluma som är doktorand på institutionen som ska använda apparaten i sin forskning och bland annat jämföra resultaten av sekvenseringar gjorda på olika NGS-plattformar.

– Min forskning går kort ut på att undersöka gener som har viktig betydelse för hästens immunförsvar. Jag har redan nu använt mig av andra NGS-plattformar och nu ska det bli väldigt spännande att jämföra resultaten med Nanopore.

Om Nanopore håller för vad företaget har lovat kommer tekniken att närmast revolutionera möjligheterna för DNA-sekvenseringen både vad gäller tid och pengar.

– En snabb och tillförlitlig DNA-sekvensering betyder enorma framsteg inom en rad av områden. Till exempel ger det ökade möjligheter att identifiera sjukdomsorsakade mutationer hos djur och människor. Sekvensering kan också användas för att anpassa åtgärder mot olika sjukdomar eftersom varje individ påverkas olika av läkemedel. På engelska brukar detta kallas för personalized medicine. Detta gäller självklart för både djur och människor. Vår forskning på husdjur kan också användas till jämförande diagnostik av genetiska sjukdomar hos människan. VH-fakulteten och SLU har en fantastisk kompetens och det är roligt att NGS-kapaciteten byggs upp på SLU, säger Agnese.

Kontakt
Tomas Bergström
Forskare
Telefon: 018-67 19 97
E-post: tomas.bergstrom@slu.se

Agnese Viluma
Doktorand
E-post: agnese.viluma@slu.se

13 maj 2014
Fortsättningen tryggad för välanvänt internetbaserat läromedel

Fortsättningen tryggad för välanvänt internetbaserat läromedel

DATA Databasen VetBact är ett nationellt och internationellt pedagogiskt verktyg och en kunskapsbank för studenter, lärare, forskare och allmänheten. VetBact (www.vetbact.org) har funnits allmänt tillgänglig på internet sedan 2006 och utvecklingen har hela tiden drivits av studenternas behov. Tack vare medel från VH-fakulteten så finns VetBact nu på en server vid SLU, vilket gör att den kommer att finnas kvar och utvecklas under överskådlig tid.
23 januari 2018 3
Lövsta en plats för lantbruksforskning i 270 år

Lövsta en plats för lantbruksforskning i 270 år

Linné på SLU Lövsta ligger någon mil öster om Uppsala och är en av SLU:s forskningsgårdar. Där bedrivs forskning om mjölkkor, fjäderfä och grisar. Snart tillkommer även Lövsta fältforskningsstation som har fokus på åkerns grödor. Lövsta är en klassisk plats för lantbruksforskning. Redan i mitten av 1700-talet bedrev baron Sten Carl Bielke jordbruksexperiment här. Bielke var nära vän med Carl von Linné och de båda herrarna har satt sin prägel på Lövsta som ännu kan skönjas i landskapet.
25 januari 2018 5

Twitter

Nya möjligheter i Markdata-appen https://t.co/Y2mKixR0ty @_SLU via Twitter 5 dagar sedan
SLU redovisar stark ekonomi https://t.co/Do4Qe1x0FS @_SLU via Twitter 6 dagar sedan
Travsporten storsatsar på SLU:s hästforskning https://t.co/SI23XuiKz2 https://t.co/tLBJ6fPX9e @_SLU via Twitter 7 dagar sedan
Växtskyddsmedel i ekologisk produktion – användning och risker, ny rapport från EPOK – Centrum för ekologisk produk… https://t.co/eNWw5GyBBF @_SLU via Twitter 10 dagar sedan
Efterlyses! Innovativa idéer från yrkesfisket som kan bidra till ett mer skonsamt och selektivt fiske.… https://t.co/5L8aLY3fkF @_SLU via Twitter 13 dagar sedan
Vaccin mot fruktade hästsjukdomen kvarka https://t.co/lL46oyagkn @_SLU via Twitter 14 dagar sedan