VH-institution provar senaste tekniken inom DNA-sekvensering

Text: Mårten Granert Publicerad: 13 maj 2014

Som ett av de få laboratorier i Sverige, och förmodligen i Skandinavien, har forskare på institutionen för husdjursgenetik (Hgen) i stark konkurrens utsetts till att få möjlighet att prova den allra senaste tekniken för DNA-sekvensering.

nanopore2-368px-webb

– Det här känns givetvis oerhört hedrande för oss. Det betyder att vi är konkurrenskraftiga och att de projekt som vi arbetar med anses som intressanta för Nanopore , säger Tomas Bergström som är forskare på institutionen för husdjursgenetik.

Det var företaget Oxford Nanopore i England som i höstas utlyste en tävling där laboratorier kunde skicka in en kort projektbeskrivning över hur de kunde testa företagets nya produkt för DNA-sekvensering. Nanopore-tekniken är den senaste typen av system för så kallad Next Generation Sequencing (NGS ). Det som är speciellt med Nanopore är storleken på systemet. Det är stort som en smartphone och möjliggör nu i praktiken diagnostik med sekvensering i fält.

nanopore-368px-webb

Det är Agnese Viluma som är doktorand på institutionen som ska använda apparaten i sin forskning och bland annat jämföra resultaten av sekvenseringar gjorda på olika NGS-plattformar.

– Min forskning går kort ut på att undersöka gener som har viktig betydelse för hästens immunförsvar. Jag har redan nu använt mig av andra NGS-plattformar och nu ska det bli väldigt spännande att jämföra resultaten med Nanopore.

Om Nanopore håller för vad företaget har lovat kommer tekniken att närmast revolutionera möjligheterna för DNA-sekvenseringen både vad gäller tid och pengar.

– En snabb och tillförlitlig DNA-sekvensering betyder enorma framsteg inom en rad av områden. Till exempel ger det ökade möjligheter att identifiera sjukdomsorsakade mutationer hos djur och människor. Sekvensering kan också användas för att anpassa åtgärder mot olika sjukdomar eftersom varje individ påverkas olika av läkemedel. På engelska brukar detta kallas för personalized medicine. Detta gäller självklart för både djur och människor. Vår forskning på husdjur kan också användas till jämförande diagnostik av genetiska sjukdomar hos människan. VH-fakulteten och SLU har en fantastisk kompetens och det är roligt att NGS-kapaciteten byggs upp på SLU, säger Agnese.

Kontakt
Tomas Bergström
Forskare
Telefon: 018-67 19 97
E-post: tomas.bergstrom@slu.se

Agnese Viluma
Doktorand
E-post: agnese.viluma@slu.se

13 maj 2014
Doktoranden som kommunicerar med hjälp av poetiska filmer

Doktoranden som kommunicerar med hjälp av poetiska filmer

Djurfilm När Cecilia Di Bernardis dokumentär om fjällrävar hade visats i italiensk tv hörde en pojke av sig. Han hade blivit så inspirerad av filmen att han valt fjällräv som ämne för sitt föredrag inför klassen. Det kanske var första gången hans klasskamrater hörde talas om detta nordliga djur. ”Det var fantastiskt, det var ju precis det vi ville uppnå med dokumentären” säger Cecilia som nu är doktorand på SLU:s forskningsstation i Grimsö.
9 september 2019 10
Djurturism som inkomst, äventyr och etiskt dilemma

Djurturism som inkomst, äventyr och etiskt dilemma

Djurturism Turism där djur på något sätt ingår är en växande industri i många länder runt om i världen. Det är turism där människor ska få närkontakt med vilda djur i roller som underhållare, transportmedel, jaktbyte eller selfiekompisar. Dessa verksamheter kan se ut på många olika sätt beroende på vilket djurslag som står i fokus. Gemensamt många gånger är att dessa verksamheter bedrivs på människans villkor medan djurvälfärden är åsidosatt.
16 september 2019 2

Twitter

Miljövänligt odlad gourmetfisk tas fram i samarbete mellan forskare, kockar och näringsliv https://t.co/cA7f7SMEHD https://t.co/M56oJueIyC @_SLU via Twitter 3 dagar sedan
Minskad övergödning ökar värdet på fritidsfiskets fångster https://t.co/oGlPaCnSxd @_SLU via Twitter 3 dagar sedan
Långsamma muskler ger koreansk lantras ett godare griskött. Den genetiska bakgrunden har nu hittats.… https://t.co/dCVNVrj0HB @_SLU via Twitter 4 dagar sedan
Livet på jorden ska kartläggas i storslaget EU-projekt. Tomas Roslin från SLU har tillsammans med två andra forskar… https://t.co/O1ae5FZ6pr @_SLU via Twitter 8 dagar sedan
Färre yngel dör i laxsjukdomen M74 https://t.co/xKxKRidpAV @_SLU via Twitter 9 dagar sedan
Djurskyddsföreningen donerar pengar till SLU https://t.co/CkGUEvL2mB @_SLU via Twitter 11 dagar sedan