Metabarcoding – framtiden för miljöövervakning?
Åke Olson, ansvarig för SLU:s nya forskningsinfrastruktur UMBLA. Foto: Cajsa Lithell

Metabarcoding – framtiden för miljöövervakning?

Text: Cajsa Lithell Publicerad: 4 december 2017
En ny teknik för att identifiera alla organismer i ett miljöprov är metabarcoding. Den kommer väl till pass i miljöövervakning och för att fler forskare på SLU ska kunna använda den finns nu en ny forskningsstruktur, UMBLA - ”SLU Metabarcoding Laboratory”.

Metabarcoding har till exempel använts för att inventera svamparter i skogsmark och för att se vilka fiskar som finns i en sjö. Inte alla på SLU har tillgång till tekniken, antingen på grund av brist på tid eller på rätt laboratorieutrustning. I och satsningen på UMBLA ökar tillgängligheten för SLU:s forskare.

Från miljöprov till art

– I princip kan man lämna in ett prov från vilken miljö som helst och få reda på vilka arter som finns i provet. Tanken är att spara tid för forskare som inte själva har tid att sätta sig in i tekniken och göra att fler kan få svar på ekologiska frågeställningar med metabarcoding, säger Åke Olson som är ansvarig för UMBLA.

En workshop för att inviga UMBLA

För att inviga UMBLA hölls en workshop på Ultuna den 27–28 november tillsammans med SLU:s nätverk EDNA på temat ”metabarcoding för forskning och miljöövervakning”. På workshopen deltog 60 personer från SLU, flera andra svenska universitet, SVA, SciLifeLab och företag involverade i metabarcoding.

Kevin Bishop, vicerektor för fortlöpande miljöanalys vid SLU, invigde workshopen med ett tal om SLU:s arbete i området. Foto: Mårten Granert

Kevin Bishop, vicerektor för fortlöpande miljöanalys vid SLU, invigde workshopen med ett tal om SLU:s arbete i området. Han avslutade med att påpeka att vi inte ska vara rädda för framtiden, utan använda de många nya verktyg som finns till hands för att uppnå miljömålen. En annan programpunkt var att diskutera hur nätverket EDNA ska användas. EDNA har som mål att sammanföra forskare, industri och myndigheter för att diskutera möjligheter med DNA-teknik inom framtidens miljöövervakning.

Bara fantasin sätter gränser för hur vi kan använda metabarcoding

Deltagare på workshopen fick exempel på många användningsområden där metabar-coding kunde användas. Foto: Mårten Granert

Den andra dagen ägnades åt neddyk i olika forskningsprojekt där metabarcoding använts. Workshopen avslutades med en diskussion kring framtida möjligheter och utmaningar med den nya tekniken.

– Det är egentligen bara fantasin som sätter gränserna för hur man kan använda metabarcoding inom forskning och miljöövervakning! Tekniken har redan använts i flera olika ekosystem, men också för att analysera effekten av avmaskning på parasitsamhällen hos kor. Jag tror vi kommer att se metabarcoding inom många fler tillämpningar i framtiden, säger Åke.

Fakta

UMBLA

SLU Metabarcoding Laboratory - UMBLA erbjuder metabarcoding-tjänster för samhällsstudier prokaryota och eukaryota organismer. Tjänsterna omfattar DNA-extraktion, amplifiering, data- och provlagring samt handledning och expertråd för forskare på SLU. Läs mer om UMBLA.

 

 

4 december 2017 7
Samverkar kring växtskydds-, växtförädlings- och växtodlingsforskning

Samverkar kring växtskydds-, växtförädlings- och växtodlingsforskning

Plattformar SLU har tre plattformar för att stärka samarbetet mellan forskare på de tre fakulteterna LTV, NJ och S: Plattform växtskydd, Plattform växtförädling och Plattform odlingssystem. Syftet är att minimera överlappning inom forskning och undervisning, att dra nytta av SLUs gemensamma resurser och kompletterande kompetenser, att stödja samarbetet mellan forskare vid SLU och att stärka SLUs profil i samhället inom dessa områden.
14 mars 2019 1
Ny bok: Urbana ekosystemtjänster – arbeta med naturen för goda livsmiljöer

Ny bok: Urbana ekosystemtjänster – arbeta med naturen för goda livsmiljöer

Publicerat I samband med att våra städer växer och förtätas i allt snabbare takt, har grönskan kommit att få en avgörande roll för det hållbara livet i staden. I sin nya bok ”Urbana ekosystemtjänster - arbeta med naturen för goda livsmiljöer” vill tankesmedjan Movium belysa den urbana grönskans betydelse för stadsbyggande och hur olika aktörer inom branschen kan arbeta med ekosystemtjänster.
13 mars 2019 2

Twitter

Kassavasorter med bättre näringsvärde och potatissorter med bättre motståndskraft mot sjukdomar. Det är målet i nyt… https://t.co/ZHFF3oL7s6 @_SLU via Twitter 2 dagar sedan
RT @SLUmiljoanalys: Möt forskare från @_SLU och ?@Stockholms_univ? på Baltic Sea Science Center ?@Skansen? i helgen! I rovdjursakvariet bo… @_SLU via Twitter 5 dagar sedan
Parasitsvamp kan hota svenska tallar https://t.co/mN4gBQ9Dp9 https://t.co/2N38cWPOtW @_SLU via Twitter 7 dagar sedan
https://t.co/XKPnmN5LGb @_SLU via Twitter 8 dagar sedan
Kämpar för almens överlevnad https://t.co/cVm03oVgFA https://t.co/PyiRepPmSo @_SLU via Twitter 8 dagar sedan
Allt fler mjölkgårdar tillverkar eget kraftfoder av lokala råvaror, i stället för att köpa färdigblandat. En ny rap… https://t.co/uLpShzz8oT @_SLU via Twitter 10 dagar sedan