Metabarcoding – framtiden för miljöövervakning?
Åke Olson, ansvarig för SLU:s nya forskningsinfrastruktur UMBLA. Foto: Cajsa Lithell

Metabarcoding – framtiden för miljöövervakning?

Text: Cajsa Lithell Publicerad: 4 december 2017
En ny teknik för att identifiera alla organismer i ett miljöprov är metabarcoding. Den kommer väl till pass i miljöövervakning och för att fler forskare på SLU ska kunna använda den finns nu en ny forskningsstruktur, UMBLA - ”SLU Metabarcoding Laboratory”.

Metabarcoding har till exempel använts för att inventera svamparter i skogsmark och för att se vilka fiskar som finns i en sjö. Inte alla på SLU har tillgång till tekniken, antingen på grund av brist på tid eller på rätt laboratorieutrustning. I och satsningen på UMBLA ökar tillgängligheten för SLU:s forskare.

Från miljöprov till art

– I princip kan man lämna in ett prov från vilken miljö som helst och få reda på vilka arter som finns i provet. Tanken är att spara tid för forskare som inte själva har tid att sätta sig in i tekniken och göra att fler kan få svar på ekologiska frågeställningar med metabarcoding, säger Åke Olson som är ansvarig för UMBLA.

En workshop för att inviga UMBLA

För att inviga UMBLA hölls en workshop på Ultuna den 27–28 november tillsammans med SLU:s nätverk EDNA på temat ”metabarcoding för forskning och miljöövervakning”. På workshopen deltog 60 personer från SLU, flera andra svenska universitet, SVA, SciLifeLab och företag involverade i metabarcoding.

Kevin Bishop, vicerektor för fortlöpande miljöanalys vid SLU, invigde workshopen med ett tal om SLU:s arbete i området. Foto: Mårten Granert

Kevin Bishop, vicerektor för fortlöpande miljöanalys vid SLU, invigde workshopen med ett tal om SLU:s arbete i området. Han avslutade med att påpeka att vi inte ska vara rädda för framtiden, utan använda de många nya verktyg som finns till hands för att uppnå miljömålen. En annan programpunkt var att diskutera hur nätverket EDNA ska användas. EDNA har som mål att sammanföra forskare, industri och myndigheter för att diskutera möjligheter med DNA-teknik inom framtidens miljöövervakning.

Bara fantasin sätter gränser för hur vi kan använda metabarcoding

Deltagare på workshopen fick exempel på många användningsområden där metabar-coding kunde användas. Foto: Mårten Granert

Den andra dagen ägnades åt neddyk i olika forskningsprojekt där metabarcoding använts. Workshopen avslutades med en diskussion kring framtida möjligheter och utmaningar med den nya tekniken.

– Det är egentligen bara fantasin som sätter gränserna för hur man kan använda metabarcoding inom forskning och miljöövervakning! Tekniken har redan använts i flera olika ekosystem, men också för att analysera effekten av avmaskning på parasitsamhällen hos kor. Jag tror vi kommer att se metabarcoding inom många fler tillämpningar i framtiden, säger Åke.

Fakta

UMBLA

SLU Metabarcoding Laboratory - UMBLA erbjuder metabarcoding-tjänster för samhällsstudier prokaryota och eukaryota organismer. Tjänsterna omfattar DNA-extraktion, amplifiering, data- och provlagring samt handledning och expertråd för forskare på SLU. Läs mer om UMBLA.

 

 

4 december 2017 7
Unifying ecology – tar fram vildsvinet i forskaren

Unifying ecology – tar fram vildsvinet i forskaren

Gränslöst Ofta är forskare inriktade mot en viss typ av landskap men kanske borde de vara lite mer som vildsvin och röra sig mellan skogen och jordbrukslandskapet. Samma ekologiska teorier gäller överallt! Projektet Unifying Ecology på institutionen för ekologi är ett försök att öka kontakten mellan forskare inom olika ämnen. Det har lett till nya samarbeten och spännande forskning. Två postdoktorer har också knutits till projektet. De studerar just nu hur vildsvin påverkar jorden – och i förlängningen olika ekologiska samspel.
14 mars 2018 7

Twitter

Naturvårdspriset 2018 för skapandet av forum för vargfrågor https://t.co/u91GHUwPyU https://t.co/Vy5a4GsFb7 @_SLU via Twitter 23 minuter sedan
SLU och Dataväxt utvecklar framtidens smarta växtodling https://t.co/mE9y914rfb https://t.co/mgBsTIw4c5 @_SLU via Twitter 2 timmar sedan
Vårkollen – hur långt har våren kommit hos dig? Håll ögona öppna under Valborgshelgen och rapportera in en handfull… https://t.co/8MIU2P1iBe @_SLU via Twitter 3 timmar sedan
Miljöministern besöker SLU Alnarp https://t.co/3aDxfeG3Dm @_SLU via Twitter 22 timmar sedan
Att bevara torvmarker borde vara en viktigare åtgärd i det globala klimatarbetet. Det kan vara en relativt billig o… https://t.co/DPGJOVeFd5 @_SLU via Twitter 1 dagar sedan
Från biokol till hamburgare https://t.co/hXvT1tsZyt https://t.co/uI24juvpzn @_SLU via Twitter 5 dagar sedan