Metabarcoding – framtiden för miljöövervakning?
Åke Olson, ansvarig för SLU:s nya forskningsinfrastruktur UMBLA. Foto: Cajsa Lithell

Metabarcoding – framtiden för miljöövervakning?

Text: Cajsa Lithell Publicerad: 4 december 2017
En ny teknik för att identifiera alla organismer i ett miljöprov är metabarcoding. Den kommer väl till pass i miljöövervakning och för att fler forskare på SLU ska kunna använda den finns nu en ny forskningsstruktur, UMBLA - ”SLU Metabarcoding Laboratory”.

Metabarcoding har till exempel använts för att inventera svamparter i skogsmark och för att se vilka fiskar som finns i en sjö. Inte alla på SLU har tillgång till tekniken, antingen på grund av brist på tid eller på rätt laboratorieutrustning. I och satsningen på UMBLA ökar tillgängligheten för SLU:s forskare.

Från miljöprov till art

– I princip kan man lämna in ett prov från vilken miljö som helst och få reda på vilka arter som finns i provet. Tanken är att spara tid för forskare som inte själva har tid att sätta sig in i tekniken och göra att fler kan få svar på ekologiska frågeställningar med metabarcoding, säger Åke Olson som är ansvarig för UMBLA.

En workshop för att inviga UMBLA

För att inviga UMBLA hölls en workshop på Ultuna den 27–28 november tillsammans med SLU:s nätverk EDNA på temat ”metabarcoding för forskning och miljöövervakning”. På workshopen deltog 60 personer från SLU, flera andra svenska universitet, SVA, SciLifeLab och företag involverade i metabarcoding.

Kevin Bishop, vicerektor för fortlöpande miljöanalys vid SLU, invigde workshopen med ett tal om SLU:s arbete i området. Foto: Mårten Granert

Kevin Bishop, vicerektor för fortlöpande miljöanalys vid SLU, invigde workshopen med ett tal om SLU:s arbete i området. Han avslutade med att påpeka att vi inte ska vara rädda för framtiden, utan använda de många nya verktyg som finns till hands för att uppnå miljömålen. En annan programpunkt var att diskutera hur nätverket EDNA ska användas. EDNA har som mål att sammanföra forskare, industri och myndigheter för att diskutera möjligheter med DNA-teknik inom framtidens miljöövervakning.

Bara fantasin sätter gränser för hur vi kan använda metabarcoding

Deltagare på workshopen fick exempel på många användningsområden där metabar-coding kunde användas. Foto: Mårten Granert

Den andra dagen ägnades åt neddyk i olika forskningsprojekt där metabarcoding använts. Workshopen avslutades med en diskussion kring framtida möjligheter och utmaningar med den nya tekniken.

– Det är egentligen bara fantasin som sätter gränserna för hur man kan använda metabarcoding inom forskning och miljöövervakning! Tekniken har redan använts i flera olika ekosystem, men också för att analysera effekten av avmaskning på parasitsamhällen hos kor. Jag tror vi kommer att se metabarcoding inom många fler tillämpningar i framtiden, säger Åke.

Fakta

UMBLA

SLU Metabarcoding Laboratory - UMBLA erbjuder metabarcoding-tjänster för samhällsstudier prokaryota och eukaryota organismer. Tjänsterna omfattar DNA-extraktion, amplifiering, data- och provlagring samt handledning och expertråd för forskare på SLU. Läs mer om UMBLA.

 

 

4 december 2017 7
Doktoranden som kommunicerar med hjälp av poetiska filmer

Doktoranden som kommunicerar med hjälp av poetiska filmer

Djurfilm När Cecilia Di Bernardis dokumentär om fjällrävar hade visats i italiensk tv hörde en pojke av sig. Han hade blivit så inspirerad av filmen att han valt fjällräv som ämne för sitt föredrag inför klassen. Det kanske var första gången hans klasskamrater hörde talas om detta nordliga djur. ”Det var fantastiskt, det var ju precis det vi ville uppnå med dokumentären” säger Cecilia som nu är doktorand på SLU:s forskningsstation i Grimsö.
9 september 2019 10
Djurturism som inkomst, äventyr och etiskt dilemma

Djurturism som inkomst, äventyr och etiskt dilemma

Djurturism Turism där djur på något sätt ingår är en växande industri i många länder runt om i världen. Det är turism där människor ska få närkontakt med vilda djur i roller som underhållare, transportmedel, jaktbyte eller selfiekompisar. Dessa verksamheter kan se ut på många olika sätt beroende på vilket djurslag som står i fokus. Gemensamt många gånger är att dessa verksamheter bedrivs på människans villkor medan djurvälfärden är åsidosatt.
16 september 2019 2

Twitter

Vad gör #SLU för #klimatet? Se exempel och läs bloggen av rektor @MariaKWedel https://t.co/FPu8YzFMLB #SDG13 #Agenda2030 @_SLU via Twitter 2 timmar sedan
Vad gör #SLU för #klimatet? Se exempel och läs blogg av rektor @MariaKWedel https://t.co/SWhur8w7DG #SDG13 #Agenda2030 @_SLU via Twitter 2 timmar sedan
Ny SLU-utbildning blev jättesuccé https://t.co/vl1KnM2QXj @_SLU via Twitter 1 dagar sedan
Pressinbjudan  - Digitaliseringens utmaningar - SLU i Skara https://t.co/ci08TMUyPK https://t.co/xul3qWkTRT @_SLU via Twitter 2 dagar sedan
Pressinbjudan: Kronprinsessan Victoria namnger Sveriges nya forskningsfartyg i Lysekil https://t.co/NhOBPLwWCX https://t.co/zP9ORx3WF8 @_SLU via Twitter 3 dagar sedan
EU:s inkomstförsäkring för jordbruket bör inte införas i Sverige, enligt utredare https://t.co/om57tcGh9d @_SLU via Twitter 3 dagar sedan