Metabarcoding – framtiden för miljöövervakning?
Åke Olson, ansvarig för SLU:s nya forskningsinfrastruktur UMBLA. Foto: Cajsa Lithell

Metabarcoding – framtiden för miljöövervakning?

Text: Cajsa Lithell Publicerad: 4 december 2017
En ny teknik för att identifiera alla organismer i ett miljöprov är metabarcoding. Den kommer väl till pass i miljöövervakning och för att fler forskare på SLU ska kunna använda den finns nu en ny forskningsstruktur, UMBLA - ”SLU Metabarcoding Laboratory”.

Metabarcoding har till exempel använts för att inventera svamparter i skogsmark och för att se vilka fiskar som finns i en sjö. Inte alla på SLU har tillgång till tekniken, antingen på grund av brist på tid eller på rätt laboratorieutrustning. I och satsningen på UMBLA ökar tillgängligheten för SLU:s forskare.

Från miljöprov till art

– I princip kan man lämna in ett prov från vilken miljö som helst och få reda på vilka arter som finns i provet. Tanken är att spara tid för forskare som inte själva har tid att sätta sig in i tekniken och göra att fler kan få svar på ekologiska frågeställningar med metabarcoding, säger Åke Olson som är ansvarig för UMBLA.

En workshop för att inviga UMBLA

För att inviga UMBLA hölls en workshop på Ultuna den 27–28 november tillsammans med SLU:s nätverk EDNA på temat ”metabarcoding för forskning och miljöövervakning”. På workshopen deltog 60 personer från SLU, flera andra svenska universitet, SVA, SciLifeLab och företag involverade i metabarcoding.

Kevin Bishop, vicerektor för fortlöpande miljöanalys vid SLU, invigde workshopen med ett tal om SLU:s arbete i området. Foto: Mårten Granert

Kevin Bishop, vicerektor för fortlöpande miljöanalys vid SLU, invigde workshopen med ett tal om SLU:s arbete i området. Han avslutade med att påpeka att vi inte ska vara rädda för framtiden, utan använda de många nya verktyg som finns till hands för att uppnå miljömålen. En annan programpunkt var att diskutera hur nätverket EDNA ska användas. EDNA har som mål att sammanföra forskare, industri och myndigheter för att diskutera möjligheter med DNA-teknik inom framtidens miljöövervakning.

Bara fantasin sätter gränser för hur vi kan använda metabarcoding

Deltagare på workshopen fick exempel på många användningsområden där metabar-coding kunde användas. Foto: Mårten Granert

Den andra dagen ägnades åt neddyk i olika forskningsprojekt där metabarcoding använts. Workshopen avslutades med en diskussion kring framtida möjligheter och utmaningar med den nya tekniken.

– Det är egentligen bara fantasin som sätter gränserna för hur man kan använda metabarcoding inom forskning och miljöövervakning! Tekniken har redan använts i flera olika ekosystem, men också för att analysera effekten av avmaskning på parasitsamhällen hos kor. Jag tror vi kommer att se metabarcoding inom många fler tillämpningar i framtiden, säger Åke.

Fakta

UMBLA

SLU Metabarcoding Laboratory - UMBLA erbjuder metabarcoding-tjänster för samhällsstudier prokaryota och eukaryota organismer. Tjänsterna omfattar DNA-extraktion, amplifiering, data- och provlagring samt handledning och expertråd för forskare på SLU. Läs mer om UMBLA.

 

 

4 december 2017 3
Oväntad vändning i samverkan mellan Holmen Skog och SLU

Oväntad vändning i samverkan mellan Holmen Skog och SLU

Vilt Hur påverkas den uppväxande skogen av bete från klövdjur? Det var frågan som Holmen skog hoppades att samarbetet med SLU skulle ge svar på. På en lyckad exkursion till ett älghägn utanför Gideå i Västernorrland visade doktoranden Michelle Nordkvist att samarbetet kan ge svar på hur insekterna påverkas också. – Roligt att vi kan skapa ytor för en viss typ av forskning som sedan leder till ny forskning som vi inte hade förutsett men kan ha nytta av, säger Peter Christoffersson på Holmen Skog.
8 december 2017 2

Twitter

I #lucka12 tipsar vi om ett nytt flöde för kunskapen om Sveriges arter och naturvård. https://t.co/bRoWfzpKeK @_SLU via Twitter 4 timmar sedan
I #lucka11 får veta mer om vikten av balans mellan täthet och rymlighet i stadsmiljöer. #SDG11 https://t.co/2A4COqe6iu @_SLU via Twitter 1 dagar sedan
Andra advent och dags för #lucka10 i vår julkalender! Titta på prisbelönt film om minskad påverkan av skogsbruket p… https://t.co/iHfyOkaP5I @_SLU via Twitter 2 dagar sedan
#Annadagen till ära så tillägnar vi #lucka9 i julkalendern till kunskap om #julbak. https://t.co/qsbVYHX3pP @_SLU via Twitter 3 dagar sedan
Katter av raserna burma, russian blue, abessinier och norsk skogkatt utvecklar diabetes oftare än andra raser. Och… https://t.co/q1b2m1UBCN @_SLU via Twitter 4 dagar sedan
Har du koll på skogsresurserna? Öppna #lucka8 och se efter. #Riksskogstaxeringen https://t.co/mg3liepye3 @_SLU via Twitter 4 dagar sedan