Metabarcoding – framtiden för miljöövervakning?
Åke Olson, ansvarig för SLU:s nya forskningsinfrastruktur UMBLA. Foto: Cajsa Lithell

Metabarcoding – framtiden för miljöövervakning?

Text: Cajsa Lithell Publicerad: 4 december 2017
En ny teknik för att identifiera alla organismer i ett miljöprov är metabarcoding. Den kommer väl till pass i miljöövervakning och för att fler forskare på SLU ska kunna använda den finns nu en ny forskningsstruktur, UMBLA - ”SLU Metabarcoding Laboratory”.

Metabarcoding har till exempel använts för att inventera svamparter i skogsmark och för att se vilka fiskar som finns i en sjö. Inte alla på SLU har tillgång till tekniken, antingen på grund av brist på tid eller på rätt laboratorieutrustning. I och satsningen på UMBLA ökar tillgängligheten för SLU:s forskare.

Från miljöprov till art

– I princip kan man lämna in ett prov från vilken miljö som helst och få reda på vilka arter som finns i provet. Tanken är att spara tid för forskare som inte själva har tid att sätta sig in i tekniken och göra att fler kan få svar på ekologiska frågeställningar med metabarcoding, säger Åke Olson som är ansvarig för UMBLA.

En workshop för att inviga UMBLA

För att inviga UMBLA hölls en workshop på Ultuna den 27–28 november tillsammans med SLU:s nätverk EDNA på temat ”metabarcoding för forskning och miljöövervakning”. På workshopen deltog 60 personer från SLU, flera andra svenska universitet, SVA, SciLifeLab och företag involverade i metabarcoding.

Kevin Bishop, vicerektor för fortlöpande miljöanalys vid SLU, invigde workshopen med ett tal om SLU:s arbete i området. Foto: Mårten Granert

Kevin Bishop, vicerektor för fortlöpande miljöanalys vid SLU, invigde workshopen med ett tal om SLU:s arbete i området. Han avslutade med att påpeka att vi inte ska vara rädda för framtiden, utan använda de många nya verktyg som finns till hands för att uppnå miljömålen. En annan programpunkt var att diskutera hur nätverket EDNA ska användas. EDNA har som mål att sammanföra forskare, industri och myndigheter för att diskutera möjligheter med DNA-teknik inom framtidens miljöövervakning.

Bara fantasin sätter gränser för hur vi kan använda metabarcoding

Deltagare på workshopen fick exempel på många användningsområden där metabar-coding kunde användas. Foto: Mårten Granert

Den andra dagen ägnades åt neddyk i olika forskningsprojekt där metabarcoding använts. Workshopen avslutades med en diskussion kring framtida möjligheter och utmaningar med den nya tekniken.

– Det är egentligen bara fantasin som sätter gränserna för hur man kan använda metabarcoding inom forskning och miljöövervakning! Tekniken har redan använts i flera olika ekosystem, men också för att analysera effekten av avmaskning på parasitsamhällen hos kor. Jag tror vi kommer att se metabarcoding inom många fler tillämpningar i framtiden, säger Åke.

Fakta

UMBLA

SLU Metabarcoding Laboratory - UMBLA erbjuder metabarcoding-tjänster för samhällsstudier prokaryota och eukaryota organismer. Tjänsterna omfattar DNA-extraktion, amplifiering, data- och provlagring samt handledning och expertråd för forskare på SLU. Läs mer om UMBLA.

 

 

4 december 2017 7
Ekosystemets hjältar i fokus

Ekosystemets hjältar i fokus

Insekter Sällan har världens pollinatörer varit så i fokus som nu, och sällan, om någonsin, har de varit så hotade. Men det fokus som media och samhället nu lägger på ekosystemtjänsten pollinering kan knappast bli för stort, för omkring tre fjärdedelar av allt vi äter börjar med ett pollinerande djur, och i de flesta fall insekter. För SLU-medarbetaren Lotta Fabricius Kristiansen är pollinatörerna hjältarna som allt fler nu äntligen börjar bli medvetna om.
30 januari 2020 3
Dags för nytänk inom jordbruket, för jordens skull

Dags för nytänk inom jordbruket, för jordens skull

Jordens resurser När vi ger oss på något nytt säger vi ibland att vi plöjer ny mark. Men för den som tänker på jordhälsa och regenerativt jordbruk handlar det faktiskt om raka motsatsen. Jordhälsan gynnas av att vi slutar att plöja, eller plöjer mindre, och av att vi bearbetar jorden så lite som möjligt. Det gäller att lämna mikrolivets infrastruktur, med myllrande livsformer och fina nätverk av porösa, mikroskopiska labyrinter i fred så mycket som möjligt om man vill tänka långsiktigt - för klimatets och hållbarhetens skull.
30 januari 2020 2

Twitter

SLU:s ekonomi fortsatt stark https://t.co/5P2osPnWpF @_SLU via Twitter 2 dagar sedan
Reform options for EU legislation on GMO https://t.co/zNJhVwr92b https://t.co/N5lg429Wwj @_SLU via Twitter 3 dagar sedan
Forskare: Så bör EU reformera sin GMO-lagstiftning https://t.co/t3XKE0VSVX https://t.co/pC0D86Mbj8 @_SLU via Twitter 3 dagar sedan
Allsidig föda med inslag av lövbete gynnar älgar i brukad skog https://t.co/fXoXTdqHlt https://t.co/BdAa5eX7jZ @_SLU via Twitter 5 dagar sedan
RT @NKfV_AnnaNH: Landsbygdsministern vill öka svensk vattenbruksproduktion - hållbar mat med lågt klimatavtryck och stor potential. Profess… @_SLU via Twitter 9 dagar sedan
Den gemensamma jordbrukspolitiken ger övergödning av Östersjön, men problemen kan minskas genom relativt enkla tekn… https://t.co/Vu2TLd7spN @_SLU via Twitter 9 dagar sedan