Metabarcoding – framtiden för miljöövervakning?
Åke Olson, ansvarig för SLU:s nya forskningsinfrastruktur UMBLA. Foto: Cajsa Lithell

Metabarcoding – framtiden för miljöövervakning?

Text: Cajsa Lithell Publicerad: 4 december 2017
En ny teknik för att identifiera alla organismer i ett miljöprov är metabarcoding. Den kommer väl till pass i miljöövervakning och för att fler forskare på SLU ska kunna använda den finns nu en ny forskningsstruktur, UMBLA - ”SLU Metabarcoding Laboratory”.

Metabarcoding har till exempel använts för att inventera svamparter i skogsmark och för att se vilka fiskar som finns i en sjö. Inte alla på SLU har tillgång till tekniken, antingen på grund av brist på tid eller på rätt laboratorieutrustning. I och satsningen på UMBLA ökar tillgängligheten för SLU:s forskare.

Från miljöprov till art

– I princip kan man lämna in ett prov från vilken miljö som helst och få reda på vilka arter som finns i provet. Tanken är att spara tid för forskare som inte själva har tid att sätta sig in i tekniken och göra att fler kan få svar på ekologiska frågeställningar med metabarcoding, säger Åke Olson som är ansvarig för UMBLA.

En workshop för att inviga UMBLA

För att inviga UMBLA hölls en workshop på Ultuna den 27–28 november tillsammans med SLU:s nätverk EDNA på temat ”metabarcoding för forskning och miljöövervakning”. På workshopen deltog 60 personer från SLU, flera andra svenska universitet, SVA, SciLifeLab och företag involverade i metabarcoding.

Kevin Bishop, vicerektor för fortlöpande miljöanalys vid SLU, invigde workshopen med ett tal om SLU:s arbete i området. Foto: Mårten Granert

Kevin Bishop, vicerektor för fortlöpande miljöanalys vid SLU, invigde workshopen med ett tal om SLU:s arbete i området. Han avslutade med att påpeka att vi inte ska vara rädda för framtiden, utan använda de många nya verktyg som finns till hands för att uppnå miljömålen. En annan programpunkt var att diskutera hur nätverket EDNA ska användas. EDNA har som mål att sammanföra forskare, industri och myndigheter för att diskutera möjligheter med DNA-teknik inom framtidens miljöövervakning.

Bara fantasin sätter gränser för hur vi kan använda metabarcoding

Deltagare på workshopen fick exempel på många användningsområden där metabar-coding kunde användas. Foto: Mårten Granert

Den andra dagen ägnades åt neddyk i olika forskningsprojekt där metabarcoding använts. Workshopen avslutades med en diskussion kring framtida möjligheter och utmaningar med den nya tekniken.

– Det är egentligen bara fantasin som sätter gränserna för hur man kan använda metabarcoding inom forskning och miljöövervakning! Tekniken har redan använts i flera olika ekosystem, men också för att analysera effekten av avmaskning på parasitsamhällen hos kor. Jag tror vi kommer att se metabarcoding inom många fler tillämpningar i framtiden, säger Åke.

Fakta

UMBLA

SLU Metabarcoding Laboratory - UMBLA erbjuder metabarcoding-tjänster för samhällsstudier prokaryota och eukaryota organismer. Tjänsterna omfattar DNA-extraktion, amplifiering, data- och provlagring samt handledning och expertråd för forskare på SLU. Läs mer om UMBLA.

 

 

4 december 2017 7
Fortsättningen tryggad för välanvänt internetbaserat läromedel

Fortsättningen tryggad för välanvänt internetbaserat läromedel

DATA Databasen VetBact är ett nationellt och internationellt pedagogiskt verktyg och en kunskapsbank för studenter, lärare, forskare och allmänheten. VetBact (www.vetbact.org) har funnits allmänt tillgänglig på internet sedan 2006 och utvecklingen har hela tiden drivits av studenternas behov. Tack vare medel från VH-fakulteten så finns VetBact nu på en server vid SLU, vilket gör att den kommer att finnas kvar och utvecklas under överskådlig tid.
23 januari 2018 3
Lövsta en plats för lantbruksforskning i 270 år

Lövsta en plats för lantbruksforskning i 270 år

Linné på SLU Lövsta ligger någon mil öster om Uppsala och är en av SLU:s forskningsgårdar. Där bedrivs forskning om mjölkkor, fjäderfä och grisar. Snart tillkommer även Lövsta fältforskningsstation som har fokus på åkerns grödor. Lövsta är en klassisk plats för lantbruksforskning. Redan i mitten av 1700-talet bedrev baron Sten Carl Bielke jordbruksexperiment här. Bielke var nära vän med Carl von Linné och de båda herrarna har satt sin prägel på Lövsta som ännu kan skönjas i landskapet.
25 januari 2018 5

Twitter

Nya möjligheter i Markdata-appen https://t.co/Y2mKixR0ty @_SLU via Twitter 4 dagar sedan
SLU redovisar stark ekonomi https://t.co/Do4Qe1x0FS @_SLU via Twitter 5 dagar sedan
Travsporten storsatsar på SLU:s hästforskning https://t.co/SI23XuiKz2 https://t.co/tLBJ6fPX9e @_SLU via Twitter 6 dagar sedan
Växtskyddsmedel i ekologisk produktion – användning och risker, ny rapport från EPOK – Centrum för ekologisk produk… https://t.co/eNWw5GyBBF @_SLU via Twitter 10 dagar sedan
Efterlyses! Innovativa idéer från yrkesfisket som kan bidra till ett mer skonsamt och selektivt fiske.… https://t.co/5L8aLY3fkF @_SLU via Twitter 12 dagar sedan
Vaccin mot fruktade hästsjukdomen kvarka https://t.co/lL46oyagkn @_SLU via Twitter 13 dagar sedan